CDS je nutné skladovat v suchu, chladu a nejlépe ve tmě. Proto jsou k tomu nejlepší tmavé skleněné lahve. Ideální skladování je v lednici, především za horkých letních dní.
Chlordioxid se totiž v teple uvolňuje z CDS mnohem rychleji. Ke skladování není špatný sklep nebo chladnější komora. Nezapomeňte láhev pořádně uzavřít.
Pro dlouhodobé i krátkodobé skladování je nejlepší variantou sklo. Sklo je čistý materiál, používaný v laboratorních podmínkách, je inertní a biologicky neaktivní. Sklo má vysokou chemickou a mechanickou odolnost, proto nepodléhá postupnému rozkládání při styku s chemickými látkami. CDS2 nenaruší strukturu skla tak, jak se to stává při skladování v plastových lahvích. Někteří distributoři ho ale dodávají pouze v plastu a ne ve skle, jak je doporučeno. Při plastech vzniká riziko postupného uvolňování se plastů, či jiných zdraví škodlivých látek do roztoku CDS2 a tím dochází k jeho znehodnocení. Důkazem toho je, že po nějakým čase začne mít plastová lahev mastný povrch. Je to způsobeno tím, že CDS2 reaguje s plastem.
Skladování CDS/CDS2 určitě nepodceňujte. Je prokázáno, že i obyčejná minerální voda balená do plastových lahví obsahuje určité množstvý nežádoucích z plastu uvolněných látek. A to jde pouze o vodu, která není až tak reaktivní jako CDS/CDS2. Proto pro vnitřní použití upřednostňujte skleněné balení CDS2.
Láhev před otevřením lehce párkrát převraťte, aby se chlordioxid uvolněný do vzduchové kapsy dostal alespoň z části zase do tekutiny. Po otevření můžete zlehka nasát chlordioxid nosem do dutin nebo pusou. Vždy ale jen jednou a zlehka. Ublížit to nemůže, maximálně budete mít chvíli podrážděné dutiny, jak se budou dezinfikovat. Chlordioxid lze u specifických případů nemocí, zánětů nosních dutin a podobně i inhalovat, ale podle přesně daných postupů.
Lze ho pít běžně v koncentraci od 25 do 100 ppm, koncentrát vydrží 3-6 měsíců, dobře uskladněný, naředěné CDS na 50-100ppm jen asi 2 dny.